Nació en Almodóvar del Campo, Ciudad Real, España, el 6 de enero de 1499 o 1500. Sus padres eran propietarios de unas minas de plata en Sierra Morena, pero el pequeño Juan no estimaba en nada los recursos que poseía. Formado por ellos en la abnegación y el amor al prójimo, se desprendía de sus pertenencias fácilmente. Así, se deshizo de su sayo nuevo que ofreció a un niño pobre. Fue enviado a estudiar a Salamanca cuando tenía 14 años. Y a los 18 regresó al domicilio paterno después de haber cursado leyes, con el reducto espiritual que le dejó una experiencia de conversión. Vivió en oración y penitencia hasta que en 1520, alentado por un franciscano, partió a Alcalá de Henares para seguir estudios. Tomó contacto con el que luego sería arzobispo de Granada, Pedro Guerrero, y con el venerable Fernando de Contreras. Seguramente conoció allí a san Ignacio de Loyola. Entretanto, perdió a sus padres. En honor a ellos, cuando en 1526 fue ordenado sacerdote eligió su ciudad natal para decir su primera misa poniendo el signo de invitar a doce pobres a comer a su mesa, entre los cuales repartió sus bienes; comenzó la evangelización en su propio pueblo.
Su siguiente etapa fue Sevilla, desde cuyo puerto pensaba embarcar rumbo a América junto al recién elegido obispo de Tlaxcala, Nueva España. Los planes de la providencia eran otros. En el compás de espera compartió sus ansias de pobreza, oración y sacrificio con el P. Contreras. Ambos asistían a los pobres y les instruían en la fe. A través de este compañero, la brújula marcó al santo otro destino para su vida. Contreras le habló de él a Mons. Manrique, arzobispo de Sevilla, y éste pidió a Juan que predicara en su presencia. Estuvo toda la noche orando ante el crucifijo, lleno de gran timidez. Según confesó después, en esos momentos pensaba en la vergüenza que Cristo pasó desnudo en la cruz. El sermón causó tal impresión que le llenaron de alabanzas, y él respondió: «Eso mismo me decía el demonio al subir al púlpito». De allí partió a Écija, Sevilla y Cádiz, lugares en los que su predicación y labor como director espiritual siguieron siendo excepcionales. Sus acciones le acarrearon persecuciones y enemistades. En 1531 fue procesado por la Inquisición siendo acusado de graves hechos que no cometió. Pasó un año en la cárcel sin aceptar defensa alguna porque –así lo reconocía–, estaba en las mejores manos: las de Dios. La celda fue lugar de celestiales consuelos. En el juicio respondió a los cargos que se le imputaban dando testimonio de su fe, sin reprobar a los cinco testigos de la acusación. De pronto aparecieron 55 que testificaron a favor suyo. En prisión escribió Audi, Filia. Este periodo le enseñó mucho más que los libros y experiencias anteriores. Fue liberado, pero la injusta sentencia señalaba «haber proferido en sus sermones y fuera de ellos algunas proposiciones que no parecieron bien sonantes». Y le impusieron, bajo pena de excomunión, que las declarase convenientemente donde las hubiera expuesto.
En 1535 partió a Córdoba llamado por el obispo Álvarez de Toledo. Entonces conoció a fray Luis de Granada. Creó los colegios de san Pelagio y de la Asunción, y un año más tarde se fue a Granada para ayudar al arzobispo en la fundación de la universidad. Allí le oyeron predicar san Juan de Dios y san Francisco de Borja; el influjo de sus palabras cambió radicalmente sus vidas. Tenía gran devoción por el Santísimo Sacramento y por la Virgen. Y sabiendo de su capacidad persuasiva, un día le pidieron que abogase a favor de un templo dedicado a María que se estaba construyendo. Se ofreció él mismo de inmediato: «Yo iré allí, y tomaré una piedra sobre mis hombros para ponerla en la casa que se edifica a honra de la Madre de Dios». Desde luego, como esperaban, movió la generosidad de la gente. Hasta los pobres respondieron a sus peticiones con sus mermadas pertenencias. La clave de su fuerza en los sermones se hallaba en el «amar mucho a Dios». Oración, sacrificio y estudio eran sus pilares. A su espíritu de pobreza unía paciencia, modestia, prudencia, abnegación, discreción; hacía de la frugalidad virtud ejemplar dando testimonio con su propia vida de lo que predicaba. Renunció a dignidades cardenalicias y episcopales. Formó en Granada un grupo sacerdotal en 1537, que tuvo bajo su amparo, y en 1539 ayudó a la fundación de la universidad de Baeza, Jaén. Gran escritor y predicador, su amor por el sacerdocio le llevó a pedir la creación de seminarios para una verdadera reforma de la Iglesia y del clero. En 1551 enfermó y tuvo que permanecer en la localidad cordobesa de Montilla. Durante quince años siguió escribiendo y aconsejando a personas de toda clase, edad, condición y procedencia. Estuvo relacionado con san Ignacio de Loyola y santa Teresa de Jesús, quien le dio a examinar el «Libro de su vida», y causó gran influjo en san Antonio María Claret. En mayo de 1569 su salud, que ya venía lesionada de atrás, empeoró. En medio del dolor, exclamaba: «Señor mío, crezca el dolor, y crezca el amor, que yo me deleito en el padecer por Vos» o «¡Señor, más mal, y más paciencia!». Esa era su disposición. Pero cuando le vencía le debilidad, manifestaba: «¡Ah, Señor, que no puedo!». Incluso una noche en la que arreciaron los dolores pidió a Dios que los erradicara, y así sucedió. A la mañana siguiente reconoció: «¡Qué bofetada me ha dado Nuestro Señor esta noche!». Pronto a partir de este mundo, no hallaba mayor consuelo que la recepción de la Eucaristía. «¡Denme a mi Señor, denme a mi Señor!», suplicaba. En los postreros instantes, en medio de intensísimo dolor y fatiga que le hacía proferir: «Bueno está ya, Señor, bueno está», no cesaba de recitar esta jaculatoria: «Jesús, María; Jesús, María». Murió el 10 de mayo de 1569. León XIII lo beatificó el 4 de abril de 1894. Pío XII lo designó patrono del clero secular español el 2 de julio de 1946. Pablo VI lo canonizó el 31 de mayo de 1970. Y el 7 de octubre de 2012 Benedicto XVI lo declaró doctor de la Iglesia.
