En los claustros del monasterio de Helfta se fraguó el itinerario espiritual de esta gran santa mística benedictina nacida el 6 de enero de 1256, de la que no se puede proporcionar fehacientemente ni lugar de nacimiento ni nombre de sus progenitores. Ella comprendió a través de una locución que este hecho se insertaba en un plan divino sobre su vida. Sin referente alguno familiar, exonerada de cualquier lazo de sangre, en su horizonte solo cupo la oración y la contemplación, alimento de sus jornadas monacales que se iniciaron cuando tenía 5 años. En esa unión con la Santísima Trinidad que perseguía no cabrían más afectos.
Las religiosas benedictinas le procuraron una esmerada y vasta formación espiritual y cultural en conformidad con el espíritu monacal, que incluía diversas disciplinas. Como le ha sucedido a muchos seguidores de Cristo, tuvo modelos para su acontecer. Se fijó en otras grandes místicas alemanas, Matilde y Gertrudis de Hackeborn, que era entonces la abadesa del monasterio. Una tercera hermana, con la que compartió amistad y vivencias de manera singular, fue la excepcional mística, también de origen germano, Matilde de Magdeburgo, que se incorporó a la comunidad hacia el año 1270.
A simple vista Gertrudis no mostraba rasgos significativos espirituales que pudieran identificar en ella a una persona que podía recibir el privilegio divino de ser agraciada con diversos favores. Su fina sensibilidad y hondura espiritual pronto le llevaron a reconocer en su interior debilidades y tendencias que constituían un veto para caminar por el sendero de la perfección. Examinaba su alma apreciando en ella zonas umbrías, alejadas de Dios. La piedra de toque de toda vida santa es el defecto dominante que usualmente no se circunscribe a uno solo. Malos hábitos agazapados, a veces inconscientes, sutilmente perviven insertados en él. Se hallan prestos a exteriorizarse a la primera de cambio, dominando al asceta, a menos que viva una oración continua. Un temperamento impulsivo y otras manifestaciones caracterológicas provocaban muchos sufrimientos a Gertrudis que, como san Pablo advirtió, veía que no hacía el bien que quería sino el mal que no deseaba. Con todo, la apreciación de rasgos no virtuosos en ella no le indujeron al desánimo. Por el contrario, humildemente y de manera insistente oraba por su conversión; lo hizo en medio de la lucha que sostuvo contra sus tendencias a lo largo de su existencia.
Pese a sus flaquezas, Dios la agraciaba con diversos favores, lo cual era incomprensible para ojos ajenos regidos por razones humanas, esas que no reparan en el misterio de los designios divinos. La victoria sobre la debilidad es fuente de fortaleza. Y aunque Gertrudis se sintiera empujada por un carácter impetuoso y poco dado a la templanza, fue humilde, caritativa, sencilla, servicial, sensible hacia los débiles que socorrió con ternura, una persona accesible a todos, fiel observante de la regla y penitente.
El 27 de enero de 1281 constituyó el inicio de su despegue espiritual e intelectual. Se produjo después de ver a un joven Jesucristo que le invitaba a cambiar de vida asegurándole que la asistiría conduciéndola en ese camino. Desde ese momento, huyendo de la vanidad y desprendiéndose de sus aficiones, se centró en alcanzar la unión con Dios, y comenzó a profundizar en la Escritura, los santos Padres y la teología, abandonando otros intereses intelectuales. Tenía una dotes formidables para el estudio al que estaba dedicada muy especialmente. Se ha considerado que quizá esta atención pudo influirle de forma inicial en su progreso espiritual, restándole recogimiento. Pero también se ha hecho notar que debió ayudarle a neutralizar flaquezas, y preservarla de incurrir en otros errores personales, debidos a su fuerte temperamento, que hubieran podido conducirla por derroteros ajenos a la vida espiritual.
Lo cierto es que a esa primera revelación siguieron otras comunicaciones y experiencias místicas que le alentaban en su búsqueda de lo divino, mientras se esforzaba en progresar en la virtud, horrorizada por sus pecados y agraciada por el don de temor de Dios. Confundida, sintiéndose cada vez más indigna de recibir tantos favores sobrenaturales porque se veía frágil y pecadora, vivía con indecible conmoción que Dios le otorgara tal cúmulo de dones: «…he aprovechado tan poco tus gracias que no puedo decidirme a creer que me hayan sido concedidas para mí sola, no pudiendo tu eterna sabiduría ser frustrada por alguien. Haz, por tanto, oh Dador de todo bien, que me has concedido gratuitamente dones tan inmerecidos, que, leyendo este escrito, el corazón de al menos uno de tus amigos se conmueva por el pensamiento de que el celo por las almas te ha inducido a dejar durante tanto tiempo una gema de valor tan inestimable en medio del fango abominable de mi corazón». En los cinco tomos que comprenden sus Revelaciones plasmó las gracias que recibió; el segundo es de su autoría. Con rigor y fidelidad transmitió la fe en sus escritos, entre los que también se cuentan Heraldo del divino amor y sus excepcionales ejercicios espirituales.
Fue agraciada, entre otros, con el don de milagros y de profecía. Se le otorgó reposar su cabeza en la llaga del costado de Cristo oyendo el pálpito de su divino corazón. Pero entre todos los favores que recayeron sobre ella, destacó dos en particular con estas palabras: «Los estigmas de tus saludables llagas que me imprimiste, como preciosas joyas, en el corazón, y la profunda y saludable herida de amor con que lo marcaste…». Y «el de darme por Abogada a la santísima Virgen María Madre Tuya, y de haberme recomendado a menudo a su afecto como el más fiel de los esposos podría recomendar a su propia madre su esposa querida». Gertrudis padeció muchas enfermedades. Murió el 17 de noviembre, bien de 1301 o de 1302. El 27 de enero de 1678 fue inscrita en el Martirologio Romano.