Las fuentes fidedignas que permiten conocer la vida de Arsenio se deben a san Teodoro Studita quien redactó su biografía en el siglo VII. Pudo nacer a mediados del siglo IV en Roma. Pertenecía a una familia que gozaba de grandes prebendas y bienes al formar parte del prestigioso senado. Su preparación intelectual y el vigor de su fe cristiana atrajo la atención del papa san Dámaso que, además de nombrarle diácono, pensó en él como la persona idónea para asumir la responsabilidad de formar a los hijos del emperador romano san Teodosio el Grande: Arcadio y Honorio. Durante once años desempeñó en Constantinopla esta tutoría que no fue fácil por el carácter de los muchachos, hasta que a finales del siglo IV su vida tomó un rumbo diametralmente opuesto. Había muerto el emperador y la corte no le satisfacía. Las maquinaciones y la vida disipada que veía a su alrededor de algún modo dejaban su labor de preceptor en mal lugar. Bien pudo pensar que había fracasado en la tarea educativa por cuanto Arcadio y Honorio no habían respondido como cabía esperar. Con su proceder ponían de manifiesto no haber captado el valor de la vida espiritual que quiso transmitirles. Dejó su cargo de senador al que había sido elevado, y envuelto en un profundo dilema suplicó a Dios que condujera sus pasos hacia Él. «Huye de la compañía de los hombres para salvarte», fue la respuesta. Se dispuso a cumplir a rajatabla esta indicación percibida en su oración. ¿Dónde podía ir? El monacato estaba bien asentado en el desierto, y partió a Egipto para compartir el ideal de los ermitaños que moraban en Scetis.
San Juan «el Enano» fue su preceptor. Lo probó de distintas formas constatando la autenticidad de su vocación que rubricó con este vaticinio: «Este hombre será un buen fraile». Con toda delicadeza le ayudaron sus hermanos a abandonar hábitos del pasado. Sin ápice de añoranza por las comodidades y lujos que le habían rodeado, los reemplazó gustoso por la ascesis que sabía iba a conducirle a la unión con el Altísimo. Oración, mortificación y penitencia fueron alimentos que llenaros sus días y sus noches. A veces le perseguía su currículum de persona cercana a los altos gobernantes, y entonces aún añoraba más la soledad y el anonimato.
Siempre a la escucha de la voz de Dios para conocer su voluntad, un día se le hizo patente en nueva locución: «Huye al silencio y la paz, que son las raíces de una vida sin pecado». Eligió lugares más apartados y continuó su itinerario espiritual por un desierto interior que iba inundando su espíritu a través de la oración y el ayuno. Dando testimonio de su generosidad y humildad, abrazado al rigor de la regla que acentuaba severamente para sí mismo, fue desprendiéndose de todo. Hasta allí llegaban noticias de los que amó, como a los hijos del desaparecido Teodosio, que habían sucumbido bajo el influjo de ciertas pasiones y malamente podían hacer frente a las consecuencias de sus actos. Esto le llenaba de gran aflicción. Hubo otros ecos de su pasado que también retumbaron en su elegido exilio. Así, un día supo que había sido nombrado heredero de los bienes de un senador. Pero rompió el documento acreditativo que le mostraron, manifestando: «Yo morí antes que el senador y, por consiguiente, no puedo ser su heredero». Sus discípulos, Alejandro y Zoilo, profundamente edificados por su vida, siguieron la senda de la virtud que aprendieron junto a él.
Arsenio amaba el silencio y velaba para no tener que vulnerarlo. Una de las raras excepciones que hizo con las visitas fue con la de Teófilo, obispo de Alejandría, quien expresamente quiso hablar con él para solicitar su consejo pensando especialmente en el grupo de personas que le acompañaban. El santo advirtió: «Os mando que, cuando alguien os pregunte dónde vive Arsenio, no se lo digáis, o bien decidles que se eviten la molestia de ir a visitarle y que le dejen en paz». Esa voluntaria reclusión, que llevaba a tal extremo, llamó la atención del abad, y él aclaró: «Dios es testigo de que os amo de todo corazón. Pero, como no puedo estar con Dios y con los hombres al mismo tiempo, prefiero dedicarme a conversar con Dios».
Evagrio del Ponto fue otro de sus ilustres visitantes, y no volvió con las manos vacías porque Arsenio siempre pronunciaba palabras encendidas y juiciosas que instaban a amar a Dios y ponían de relieve su espíritu de penitencia, docilidad y mansedumbre. Se le atribuye esta reflexión: «muchas veces he tenido que arrepentirme de haber hablado. Pero nunca me he arrepentido de haber guardado silencio». Recibió el don de lágrimas, del que muchos fueron testigos. La invasión de los bárbaros el año 434 le obligó a dejar Scetis y refugiarse en Troe para trasladarse diez años más tarde a Canopo. Desde allí divisaba Alejandría, lo cual suscitaba su emoción. Abandonó esta isla viendo que se acercaba su fin, y volvió a la de Troe. Las lágrimas sellaron sus últimos instantes en la tierra y sus hermanos le preguntaron por la causa: «Padre, ¿por qué lloras? ¿Tienes miedo de morir, como tantos otros?». La respuesta del santo eremita estaba en consonancia con el sentimiento espiritual que le acompañaba. Explicó que no era tanto el miedo a la muerte como el santo temor que le acompañaba al tener que presentarse ante Dios siendo que se consideraba un pecador. Culminó en paz su fecunda existencia el año 449 o 450 en Menfis.
