El sacerdote, de 42 años, fue capturado por terroristas en enero de 1996, junto al representante del patriarcado de Moscú, el padre Sergei. Este último fue al final intercambiado por un guardaespaldas de la esposa del último presidente Yohar Dudáiev, mientras que el padre Chistousov murió mientras estaba siendo sometido a tortura en los calabozos del servicio de seguridad de la República Chechena, en Ichkeria.
Según Vsevolod Chernov, fiscal en Chechenia, los restos de Chistousov fueron incinerados en el patio de una escuela de la aldea y enterrados. Expertos forenses tienen sin embargo todavía la posibilidad de identificar los restos como los del padre Chistousov ya que el fiscal Chernov dice que la tumba fue identificada por un separatista checheno arrestado que tomó parte en la ejecución del sacerdote.
