Es uno de los tres grandes santos jóvenes que florecieron en la Compañía de Jesús, junto a Luís Gonzaga y Estanislao de Kostka. Vino al mundo en Diest, Bélgica, el 13 de marzo de 1599. Juan, su padre, era un honrado zapatero y curtidor de pieles, propietario del taller «La luna grande». Su madre Isabel procedía de una influyente familia; era hija de un regidor y burgomaestre de la ciudad. Ambos se impusieron a la diferencia de clases y crearon un hogar bendecido con cinco vástagos; tres ofrendaron su vida a Dios. El primogénito Juan mostró precoces rasgos de piedad y una excelsa devoción a la Inmaculada. Quizá una misteriosa intuición acerca de la brevedad de su vida infundió en él este sentimiento: «Si no llego a santo mientras soy joven nunca llegaré a serlo». Acudía a misa al alborear el día ayudando al oficiante en cuantas celebraciones hubiera. Y si al regresar del colegio hallaba la puerta de su casa cerrada, aprovechaba para ir a rezar ante la Virgen. Su inocencia y candor le granjearon la simpatía de quienes le conocían. Valoraban su entrega y la diligencia que mostraba a sus 10 años de edad asistiendo a su madre paralítica tras una enfermedad. Sabían que hacía malabarismos para seguir sus estudios.
El padre Emmerich, canónigo premonstratense de la abadía de Tongerloo, le proporcionó una formación básica, y despertó en su corazón el anhelo de ser sacerdote. Feliz al poder vestir el traje talar, como usualmente hacían los pupilos de un eclesiástico, acrecentó su piedad y su oración. En la biblioteca devoraba la Biblia y las biografías de los santos. A los 14 años, su padre, cercado por graves problemas económicos, le propuso seguir su oficio, lo que suponía relegar por completo su preparación. Juan expuso su ideal con tal convicción, que logró vencer la disconformidad de su progenitor. Con la ayuda de dos tías religiosas beguinas entró al servicio del canónigo padre Froymont en Malinas. Era el primer paso para obtener una beca; con su trabajo podría costeársela. La estancia junto al sacerdote no fue sencilla, aunque Juan tenía cualidades naturales para hacer las delicias de los que convivían a su lado. Dos de los tres niños que le asignaron para que les tutelase ingresaron a su tiempo en la Compañía de Jesús. La Orden se había instalado en Malinas en 1611 y tres años más tarde inauguró un colegio. Juan ingresó en él para disgusto de Froymont, que acogió esta decisión con desagrado. También su padre, que había pensado en su brillante futuro, se resistió; no tenía intención de costear sus estudios.
En el colegio se afilió a la Congregación Mariana. Tras la lectura de la vida de Luís Gonzaga tuvo claro que quería ser jesuita. Además, le impactaba la posición de los religiosos ante la reforma luterana, tenía noticia de las cartas de Francisco Javier y de las gestas de los mártires ingleses. Envío a sus progenitores cartas verdaderamente edificantes, maduras y radicales defendiendo su vocación: «Me causa maravilla, en verdad que vosotros, que deberíais alabar al Señor […] me exhortéis a no escuchar a Dios Nuestro Señor y a diferir cinco o seis meses la ejecución de mi designio […]. He resuelto en mi corazón hallarme, dentro de catorce días entre mis hermanos, en la Santa Religión […] ‘Os saludo y adiós’, lo mismo que vosotros a mí, cuando entreguéis a este vuestro hijo al Señor Dios, quien me dio a vosotros». Su padre no claudicaba. Apoyaron a Juan el arzobispo y el padre Froymont. La última palabra del Sr. Berchmans fue que aceptaba, pero mantuvo su negativa a correr con los gastos. La réplica del joven, una parecida a la del Poverello, fue que estaba dispuesto a despojarse de todas sus prendas, si era preciso, para cumplir su más ferviente anhelo.
En el noviciado que comenzó en 1616, marcado en su inicio por la prematura muerte de su madre, constataron su caridad, fidelidad y amor a la oración. Todo lo ejercitada con la persistente urgencia que guiaba su acontecer: «Quiero ser santo sin espera alguna. Seré fiel en las cosas pequeñas. Haré‚ cada cosa como si fuera la última de mi vida». Juan influyó en su padre, que a la muerte de su esposa se ordenó sacerdote y fue canónigo de Diest. Murió un día antes de que él emitiera sus votos, un hecho que le produjo gran consternación y contrariedad, ya que nadie le dio noticias del óbito; lo conoció porque le escribió para fijar la cita de despedida antes de partir a Roma en 1618. Llegó a la ciudad después de recorrer a pie 1.500 km., junto a su compañero Penneman. En el Colegio Romano su piedad y consciencia de la presencia de Dios, que le ayudaba a sobrenaturalizar las cosas, fue de alta y continua edificación para todos. Así lo atestiguaron sus formadores, el padre Piccolomini y el padre Massucci, quien decía que después de san Luís Gonzaga, al que trató, no había conocido a «un joven de vida más ejemplar, de conciencia más pura y de más alta perfección que a Juan».
Aprovechaba cualquier ocasión para santificarse. Superaba los pequeños escollos de la convivencia con paciencia y ternura, aunque humildemente reconocía cuánto le costaba: «Mi mayor penitencia, la vida común». Alegre, bondadoso, brillante desde el punto de vista intelectual, inocente, casto, servicial, con cualidades artísticas reconocidas para el teatro, fue como un ángel para la comunidad. Le guiaba su devoción por la Eucaristía y por María: «Si yo amo a María, estoy seguro de mi salvación y de mi perseverancia. También puedo obtener de Dios todo lo que deseo y soy casi omnipotente. No descansaré hasta haber conseguido un amor tierno hacia mi Madre». Murió tras una breve e inesperada afección pulmonar, influido por la canícula romana que le afectó gravemente, el 13 de agosto de 1621. Su confesión final fue: «no haber quebrantado nunca, en mi vida religiosa, regla alguna ni orden de mis superiores, a sabiendas, y advertidamente, y el no haber cometido nunca un pecado venial». Pío IX lo beatificó el 28 de mayo de 1865. León XIII lo canonizó el 15 de enero de 1888.
