Nacida en Lima, Perú, el 20 de abril de 1586, sufrió por su belleza a la que debía el nombre de Rosa, aunque en el bautismo se le impuso el de Isabel. Fue una india que mecía su cuna quién un día reparó en la finura de sus facciones, su tez blanca que realzaba el sonrosado color de sus mejillas enmarcando el ovalo de un rostro coronado por rubios cabellos, y decidió llamarla como la flor. Con el tiempo completó su atractivo una espigada estatura. Pertenecía a una familia numerosa compuesta por trece hermanos, que se trasladó a Quives por motivos laborales del cabeza de familia, un portorriqueño que trabajaba en un oficio relacionado con el refinamiento de la plata.
Recibió la confirmación de manos del arzobispo de Lima, santo Toribio de Mogrovejo y en ese momento ratificó el nombre de Rosa sin que nadie lo hubiese mencionado antes, ya que por él era conocida la joven. Más tarde, ella confió a un dominico que hubiera preferido ser denominada por el de pila, ya que Rosa aludía a la hermosura, de la que tendía a huir. Él le hizo ver que su alma era una rosa de la Virgen, y como tal debía custodiarla. A partir de entonces llevó gozosa el de Rosa de Santa María que ofreció a Nuestra Señora del Rosario ante cuya imagen solía orar cuando acudía a la iglesia de santo Domingo.
De todos modos, durante años hizo todo lo posible para que la belleza con la que estaba adornada no fuese objeto de atención y tropiezo ni para ella ni para nadie. Ideó diversas formas para desembarazarse de ese ornato natural que recuerdan a prácticas de mortificación clásicas en un periodo de la historia de la ascética. Se clavaba una horquilla en la cabeza para castigar su vanidad, se aplicaba ungüentos corrosivos en las manos para afearlas, se cubría el rostro con un velo tupido, o bien se cortaba los hermosos cabellos de raíz por el hecho de verlos ensalzados. Al final, aunque estos actos le ayudaban a progresar espiritualmente, comprendió que ese no era el camino; que todo sacrificio y mortificación era vano si no hacía entrega cabal de los defectos que le dominaban, como su orgullo. Vio la sutileza y el peligro que puede quedar agazapado también en ciertos ejercicios de ayuno. Así que, puso todo su empeño en dominar sus pasiones, ejercitándose en la vivencia de las virtudes. Aceptó humildemente las indicaciones paternas, y aún contrariándole y sabiéndose incomprendida las asumió con toda humildad y paciencia. Solamente las contravino en lo que era sagrado para ella: su voto de plena consagración a Dios. Su familia insistía para que contrajese matrimonio, incluso fue cortejada por jóvenes de la alta sociedad limeña, pero mucho antes ya había labrado el huerto, bordaba para ayudar económicamente a la familia y aceptaba las dificultades del día a día, todo con afán de agradar a su amado; era a lo que su espíritu tendía.
Desde niña rezaba a la Virgen con auténtica devoción. En una ocasión en la que se encomendaba a Ella, entendió que el Niño Jesús le decía: «Rosa, conságrame a Mí todo tu amor». No lo olvidó ni un instante. Su ideal de santidad, junto a Santo Domingo, era santa Catalina de Siena a la que eligió como modelo para su vida. A los 25 años se comprometió como terciaria dominica. Era muy inteligente. Poseía gran agudeza espiritual, como revelaron los testigos de su proceso. Sus escritos rezuman la hondura mística que jalonó su vida. Supo reflejar admirablemente los peldaños del ascenso espiritual que marcaron su trayectoria, incluidos quince años de aridez. Vivió centrada en la oración y las mortificaciones: ayunaba casi a diario, se abstenía de beber, dormía sobre un lecho de tablas con un palo como almohada, etc. Su morada era una humilde cabaña que erigió en el huerto familiar con ayuda de su hermano Hernando. Y la disciplina que puso sobre la cabeza, una cinta de plata que simulaba una corona de espinas, ya que estaba conformada nada menos que con 3 hileras de 33 puntas; desde que se la colocó la mantuvo hasta el fin de sus días. Su atuendo era una túnica blanca, un manto y velo negros.
Fue paciente, comprensiva y misericordiosa con todos los que la vituperaron y se burlaron de ella. Auxiliaba a los pobres, indígenas, mestizos, y enfermos, a los que atendía en su casa y les animaba a convertirse. Prestó gran ayuda en su acción caritativa para san Martín de Porres. Tanto amor se traslucía en su rostro y en sus palabras. El Domingo de Ramos de 1617, unos meses antes de morir, en la capilla del Rosario se produjo su «desposorio místico». No le dieron la palma que esperaba llevar en procesión. Y temiendo que fuese debido a alguna ofensa contra Dios que hubiera podido cometer, se postró ante la imagen de María. Entonces el Niño Jesús le dijo: «Rosa de Mi Corazón, Yo te quiero por Esposa». Ella respondió: «Aquí tienes Señor a tu humilde esclava. Tuya soy y Tuya seré».
Al igual que le sucedió a otros santos, también Rosa fue interrogada por la Inquisición que no pudo alegar nada en contra de ella, puesto que solo apreciaron su excelsa virtud. Fue adornada con dones de penetración de espíritus y profecía. Vaticinó lafundación del monasterio de Santa Catalina de Siena con todo lujo de detalles, la fecha de su muerte y el ingreso de su madre en un monasterio, hecho que se produjo tiempo después de su fallecimiento. La última etapa de su vida la pasó en casa de Gonzalo de Massa, un hombre destacado del gobierno virreinal que la acogió como a una hija. Allí se reunían en torno a ella personas de lo más granado de la sociedad limeña a las que evangelizaba. En ese lugar se erigió después el monasterio que lleva su nombre. Rosa sufrió un ataque de hemiplejía, y cuando su salud se agravó, musitaba: «Señor, auméntame los sufrimientos, pero auméntame en la misma medida tu amor». Murió a los 31 años con fama de santidad el 24 de agosto de 1617. Clemente IX la beatificó el 15 de abril de 1668. Y Clemente X la canonizó el 12 de abril de 1671.