Desde antes del inicio del juicio, el fiscal contaba con seguridad especial debido a las constantes amenazas que recibía por el caso en que fueron acusados tres militares.
Durante la investigación, el juez Henry Monroy y un fiscal del caso, Celvin Galindo, abandonaron el país y el caso por las amenazas recibidas. Asimismo, varios testigos clave en el caso salieron de Guatemala para salvar su vida.
El juicio concluyó con la condena a 30 años de prisión contra los militares Byron Lima Oliva, Byron Lima Estrada y Obdulio Villanueva. El sacerdote Mario Orantes fue condenado a 20 años de prisión por el delito de encubrimiento.
