La ternura y la piedad por el Santísimo Sacramento formaron en la vida de este beato un tándem inigualable. Estremecido por la insensibilidad de los fieles ante el Sagrario, su cometido estuvo guiado por único afán: restituir en el corazón de todos el amor a la Eucaristía que había quedado defenestrado.
Nació en Sevilla, España, el 25 de febrero de 1877, en una familia humilde y cristiana. Era el cuarto de cinco hermanos. Al ser alumno del colegio catedralicio de San Miguel, formó parte de los «seises» de la catedral hispalense –el grupo de niños de coro que danzan y cantan en el templo en las solemnidades del Corpus Christi y de la Inmaculada–, de los cuales era semillero el centro académico. Este hecho signó su vida para siempre con el amor a la Eucaristía y a la Virgen María encaminando sus pasos hacia el sacerdocio. Recibió este sacramento en 1901 de manos del cardenal –hoy beato– Marcelo Spínola. El 2 de diciembre de 1902 en el transcurso de una misión efectuada en la localidad sevillana de Palomares del Río, ante las dificultades que ofrecía la misión, sucedió lo siguiente: «Fuime derecho al Sagrario… y ¡qué Sagrario, Dios mío! ¡Qué esfuerzos tuvieron que hacer allí mi fe y mi valor para no salir corriendo para mi casa! Pero no huí. Allí de rodillas… mi fe veía a un Jesús tan callado, tan paciente, tan bueno, que me miraba… que me decía mucho y me pedía más, una mirada en la que se reflejaba todo lo triste del Evangelio… La mirada de Jesucristo en esos Sagrarios es una mirada que se clava en el alma y no se olvida nunca. Vino a ser para mí como punto de partida para ver, entender y sentir todo mi ministerio sacerdotal».
Llegó a Huelva en 1905 donde rigió la parroquia de san Pedro. La indiferencia de la gente y las tensiones ideológicas conformaban una situación harto complicada. Oraba con insistencia, confiando plenamente en Dios. Ante el Sagrario preguntó: «¿Por dónde comienzo, Corazón de Jesús?». Con aguda visión se dijo: «Hay que ganar primero a estas tres o cuatro mujeres que aún vienen a la Iglesia». Y conquistó a todos con su proverbial simpatía. En 1910 develó sus anhelos a las más cercanas colaboradoras: «Permitidme que, yo que invoco muchas veces la solicitud de vuestra caridad en favor de los niños pobres y de todos los pobres abandonados, invoque hoy vuestra atención y vuestra cooperación en favor del más abandonado de todos los pobres: el Santísimo Sacramento. Os pido una limosna de cariño para Jesucristo Sacramentado… os pido por el amor de María Inmaculada y por el amor de ese Corazón tan mal correspondido, que os hagáis las Marías de esos Sagrarios abandonados». Así nació la «Obra para los Sagrarios–Calvarios» y otras fundaciones relacionadas con la devoción a la Eucaristía para niños, jóvenes, laicos, sacerdotes y religiosas. Tras ellas siempre la misma aspiración: «Dar y buscar compañía a Jesús Eucaristía».
Benedicto XV lo designó obispo auxiliar de Málaga, diócesis a la que se incorporó en febrero de 1916, y en 1920 lo nombró obispo de esta ciudad. Entonces escribió: «Yo no quiero ser obispo más que del Sagrario abandonado. Voy a Málaga para ser obispo de dos grandes desconsolados: el Sagrario y el pueblo. El Sagrario, porque se ha quedado sin pueblo; y el pueblo porque se ha quedado sin Sagrario conocido, amado y frecuentado». El sentimiento de cercanía con las gentes y la Iglesia estaba presente en su acontecer. Recorría las calles, las parroquias y escuelas departiendo con todos para luego llevar en su corazón y oración la realidad de cada uno de ellos. Así se percató de la conveniencia de erigir un gran seminario, que levantó en medio de incontables necesidades, dando respuesta con él a la urgencia de contar con sacerdotes y solventar la grave carencia de un lugar digno donde formarlos. Se ha dicho que «proyectó un seminario sustancialmente eucarístico. En el que la Eucaristía fuera: en el orden pedagógico, el más eficaz estímulo; en el científico, el primer maestro y la primera asignatura; en el disciplinar el más vigilante inspector; en el ascético el modelo más vivo; en el económico la gran providencia; y en el arquitectónico la piedra angular». Quería que los sacerdotes pudieran «llegar a ser hostia en unión de la Hostia consagrada».
En la primavera de 1931 la violencia se cebó en el palacio episcopal que fue incendiado junto a otros templos malagueños. Obligado a huir para salvar su vida y la de otros, fue acogido por el prelado de Gibraltar hasta que a finales de año pudo regresar a Madrid. Su último destino fue Palencia. Pío XI le encomendó la diócesis nombrándolo obispo de la misma en 1935. Hallándose el Hermano Rafael en el monasterio de Dueñas, ambos tuvieron ocasión de conocerse. Fue autor de numerosos libros, entre otros: Lo que puede un cura hoy, referencia ineludible para los presbíteros de su época. En 1939 hallándose de paso por Zaragoza enfermó de gravedad. Y el 4 de enero de 1940 falleció en una clínica de Madrid, pero fue enterrado en la catedral de Palencia. Su sepultura contiene el epitafio que él mismo escribió: «Pido ser enterrado junto a un Sagrario, para que mis huesos, después de muerto, como mi lengua y mi pluma en vida, estén siempre diciendo a los que pasen: ¡Ahí está Jesús! ¡Ahí está! ¡No lo dejéis abandonado!». Fue beatificado por Juan Pablo II el 29 de abril de 2001.