El padre Fernández Guillén nació en San Rafael de Oreamuno, en la arquidiócesis de San José de Costa Rica, el 22 diciembre de 1949. Realizó los estudios sacerdotales en el Seminario Menor Nuestra Señora de los Ángeles en Tres Ríos y en el Seminario Mayor Central de San José.
Fue ordenado sacerdote el 8 de julio de 1977 por el clero de la arquidiócesis de San José de Costa Rica.
Sucesivamente ha desempañado las siguientes tareas pastorales: capellán del Hospital San Juan de Dios, párroco de La Inmaculada Concepción en Tejar, párroco de San Juan Bautista en Tobosi, párroco de San Ignacio de Loyola en Acosta, párroco de Nuestra Señora de Guadalupe en Goicoechea, director espiritual del Seminario Mayor Central en San José, vicario episcopal de la Pastoral Profética y, desde el año 2001, rector del Seminario Mayor Central de San José.
