Este insigne apóstol de Alemania, incansable apologeta, que siguió los pasos de san Bonifacio en la evangelización germana jesuita, no se concedió ni un instante para sí, haciendo de su vida un permanente acto de ofrenda a Cristo.
Nació el 8 de mayo de 1521 en la localidad holandesa de Nimega. Su influyente familia pertenecía a la nobleza; su padre era el alcalde de su ciudad natal. Fue el primogénito de dos hermanos, y de ocho vástagos más que nacieron del segundo matrimonio de su progenitor, quien contrajo nuevas nupcias al enviudar. Todos los hijos fueron educados en la fe tanto por él como por sus dos esposas. En 1536 Pedro inició sus estudios en la universidad de Colonia. Y fue allí donde la eficaz labor apostólica de dos sacerdotes le fueron conduciendo hacia una vida espiritual intensa. El segundo, Nicolás van Esche, que fue su confesor, le sugirió leer el Evangelio todos los días y le proporcionó las pautas elementales de la oración. Solía frecuentar el monasterio cartujo de santa Bárbara.
Fue un alumno excepcional; en 1540 obtuvo el Magister en Teología. Entonces vivía en un estado de búsqueda, y se hallaba a la espera de que Dios le mostrara el camino mientras barajaba la opción sacerdotal. Todo se concretó al conocer al jesuita Pedro Fabro en 1543; le había puesto en contacto con él otro jesuita compañero de estudios. Se trasladó a Maguncia expresamente para hablar con el beato, y quedó bajo su amparo. Después, hizo los ejercicios espirituales, y en mayo de ese año ingresó en la Compañía de Jesús. El noviciado coincidió con la muerte de su padre y decidió distribuir los cuantiosos bienes que le legaron entre los pobres, estudiantes sin recursos y también entre los jesuitas. Le encomendaron la delicada misión de dirigir como vicesuperior a la reducida comunidad que quedó en Colonia tratando de esquivar el decreto de expulsión que pendía sobre los conventos. Y en 1544 comenzó a dedicarse a la predicación, acción apostólica que le distinguiría y en la que obtuvo grandes conversiones.
Profesó en mayo de 1545. Le avalaba su prestigio en la universidad cuando le designaron para participar en la Dieta de Worms donde se dirimían los conflictos entre protestantes y católicos. Otra de sus actuaciones se produjo en el ámbito de la diplomacia. Trabajaba arduamente, consciente de que no tenía ni un instante para sí, como expresaba al P. Fabro en sus cartas. Fue ordenado en junio de 1546 y en agosto de este año moría el beato, noticia que Pedro acogió con incontenible emoción ya que se había formado bajo su tutela. La situación eclesial era gravísima porque el arzobispo Max Hermann von Wied se había involucrado en la herejía y le habían excomulgado. Las misiones diplomáticas que Canisio llevó a cabo fueron esenciales para el mantenimiento de la fe en Colonia; por ellas se le califica como «el más importante e intrépido defensor de la religión». Se distinguió por su celo apostólico, la oración, la meditación y la caridad que mostraba hacia todos. Fue un apologeta de la fe, cuya defensa efectuó con rigor y respeto, imbatible en su manera de refutar los errores.
En 1547 participó en el Concilio de Trento, trabajando con Diego Laínez y Alfonso Salmerón. En calidad de teólogo había acompañado al prelado de Austria. Después se trasladó a Roma por indicación de san Ignacio de Loyola, que se ocupó personalmente de completar su formación. Se doctoró en 1549. Humilde, obediente y dispuesto a todo por Cristo, partió a Messina para trabajar en un colegio infantil. Reconoció: «Me apego a la obediencia, con el corazón. Obligo al espíritu a no inclinarse». Cuando se entrevistó con el papa Pablo III, sabiendo que iba a partir a Alemania, se postró de hinojos en la basílica de san Pedro rogando fervientemente la bendición de los apóstoles Pedro y Pablo. Salió confortado: «Allí he sentido que un gran consuelo y la presencia de la gracia me eran concedidas por medio de estos intercesores (Pedro y Pablo). Ellos confirmaban mi misión en Alemania y parecían transmitirme, como apóstol de Alemania, el apoyo de su benevolencia. Tú conoces Señor, de que manera y cuantas veces en ese mismo día me has confiado Alemania, a la que luego cuidaré y por la cual deseo vivir y morir».
Con la magnánima resolución de no defraudar a Cristo y a sus superiores transcurrió el resto de su vida entre Alemania, Austria y Holanda, siendo incansable apóstol, insigne profesor, ardiente predicador y reconciliador que supo tocar la fibra íntima de los apartados de la fe. Pacificador y mediador en graves conflictos, hombre de gran visión y sabio gobierno, por donde pasaba surgían vocaciones y, con ellas, el incremento de sacerdotes. Fue fundador de colegios, vice gran canciller y rector universitario, administrador de la diócesis de Viena, a su pesar, por expresa indicación del papa Julio III, y reputado autor. Retazos de sus experiencias místicas ponen de relieve su pasión por Cristo: «Tú, al final, como si me pudieses abrir el corazón del Santísimo Cuerpo, que me parecía ver delante de mí, me has mandado beber en esa fuente, invitándome por decir así a sacar las aguas de mi salvación de tus fuentes, oh mi Salvador».
Entre sus obras se halla el famoso compendio de doctrina cristiana, luego convertido en catecismo, que sería objeto de numerosas traducciones y reediciones. En 1556 Ignacio lo designó provincial de Alemania hallándose bajo su jurisdicción: Austria, Bohemia, Baviera y el Tirol. En tres décadas recorrió miles de kilómetros evangelizando a las gentes. «Descansaremos en el cielo», decía. Todos, fueran o no creyentes, le estimaban. Fue designado nuncio por Pío IV, y Pío V le encomendó asistir a la Dieta de Augsburgo. Los últimos diecisiete años de su vida los pasó en Friburgo, animando, consolando, estudiando, escribiendo e impulsando las fundaciones. Murió el 21 de diciembre de 1597 contemplando a María. Pío IX lo beatificó el 20 de noviembre de 1864. Pío XI lo canonizó y declaró doctor de la Iglesia el 21 de mayo de 1925.