El 7 de junio del 2001, un tribunal halló culpables como coautores del crimen al coronel retirado Byron Lima Estrada; su hijo, el capitán Byron Lima Oliva; y al sargento Obdulio Villanueva; que enfrentan una condena de 30 años de prisión.
También por complicidad fue condenado el sacerdote ayudante de Gerardi Mario Orantes a 25 años de cárcel.
El tribunal, presidido por el magistrado Wilebaldo Contreras, deberá emitir su veredicto el 8 de octubre próximo.
El fiscal Mario Leal intentó en la audiencia del miércoles desvirtuar uno por uno los alegatos de la defensa y al final pidió al tribunal que «analice todos los recursos (de apelación) y el tribunal se dará cuenta que los motivos expresados en los mismos carecen de sustentación jurídica en todos los aspectos».
Leal, junto al abogado Mario Domingo, representante de la Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado, pidieron que la sentencia sea confirmada tal y como la dictó el tribunal inferior.
La audiencia fue presenciada por observadores de organismos internacionales, activistas de derechos humanos y diplomáticos.