«No moriré sino por ti Jesús, que te dignaste morir por mí […]. Prometo ante tu eterno Padre y el Espíritu Santo, ante tu santísima Madre y su castísimo esposo, ante los ángeles, los apóstoles y los mártires y mi bienaventurado padre Ignacio y el bienaventurado Francisco Javier, y te prometo a ti, mi Salvador Jesús, que nunca me sustraeré, en lo que de mi dependa, a la gracia del martirio, si alguna vez, por tu misericordia infinita me la ofreces a mí, indignísimo siervo tuyo...». Ardientemente suplicó y recibió Juan esta gracia del martirio a la que fue fidelísimo, sufriendo uno de los más espantosos que se conocen.
Pertenecía a una acomodada familia de terratenientes. En la Normandía oriental, donde nació el 25 de marzo de 1593, imperaba el calvinismo, pero ellos profesaban la fe católica. Cursó estudios de filosofía y teología en la universidad de Caen. A los 21 años entró en una vía de discernimiento vocacional. Se dispuso a ingresar en la Compañía de Jesús, pero asuntos familiares le obligaron a posponer su incorporación hasta 1617. Tenía 24 años. Realizó el noviciado en Rouen donde se le consideró como una vocación tardía. Su dificultad para asimilar las materias se contrarrestó con una formación personalizada. Profesó en 1619 y fue destinado a la docencia. Contrajo la tuberculosis y tuvo que abandonar las aulas. Su estado era tan grave que, ante el riesgo de muerte, el provincial propició su ordenación en 1622. La mejoría fue tal que ese mismo año reanudó con brío las misiones que le encomendaron: ayudante de ecónomo del colegio y después ecónomo titular. Bajo su responsabilidad tenía 600 alumnos. Más tarde, por indicación del provincial de Francia, asumió las misiones de la Nueva Francia. La noticia, tan querida como inesperada, le llenó de alegría. Porque sabiendo que los franciscanos requerían la presencia de jesuitas para atender las fundaciones de Canadá, aún pensando que su ofrecimiento no sería acogido, se prestó para viajar a ese país.
En 1625 partió a la misión de Quebec acompañado de dos religiosos. Unos meses más tarde, después de haberse familiarizado con la lengua de los algonquines, se apresuró a evangelizar a los hurones. Informado de la alta peligrosidad de la zona, no temió por su vida y se estableció en el lugar. Desde allí extendió su radio de acción a otros lugares habitados también por los hurones. Fue una etapa de profunda actividad y esfuerzo que le permitió asimilar sus condiciones de vida y costumbres, acogidas por él como si fuera uno de ellos. Realizó viajes extenuantes por bosques y lagos, soportó inclemencias, plagas, falta de higiene de los indios, y muchos problemas de distinta índole. Otros religiosos no fueron capaces de integrarse y regresaron. Al final se encontró solo, pero se mantuvo firme en su misión. Sus ansias martiriales, vinculadas a su celo apostólico, seguían intactas:«Dios mío, ¡cuánto me duele el que no seas conocido, el que esta región extranjera no se haya aún convertido enteramente a ti, el hecho de que el pecado no haya sido aún exterminado de ella! Sí, Dios mío, si han de caer sobre mí todos los tormentos que han de sufrir, con toda su ferocidad y crueldad, los cautivos en esta región, de buena gana me ofrezco a soportarlos yo solo». En 1629 tuvo que retornar a Francia, momento en el que emitió sus votos perpetuos. Develan irrevocable fidelidad: «Sea yo destrozado antes de violar voluntariamente una disposición de las Constituciones. Nunca descansaré, jamás he de decir: basta».
En 1633 regresó junto a los hurones de Ihonatiria. Fundó la Misión de San José y emprendió otra intensa labor apostólica. Tres años más tarde, los frutos eran visibles. Pudo enviar a 12 jóvenes hurones a Quebec para ser educados en la Misión de Nuestra Señora de los Ángeles. Pero se desencadenaron varias epidemias, que una parte de los hurones achacaron a la presencia de los misioneros, por lo que fueron amenazados y Juan pensó que podría morir. Cuando se desató una de ellas en San José, el único que se mantuvo indemne fue él, que había desafiado a los hechiceros. En 1637 fundó en Ossosané, la capital hurona. Nueva plaga, en este caso de viruela, contribuyó a incrementar la hostilidad. El convencimiento de la gente era que los «sotanas negros» ocasionaban tales desgracias. Juan escribió su voto de martirio que recitaba todos los días en la misa. Parte de la población le quería. Por eso, en febrero de 1638 fue nombrado jefe hurón. Siguió un periodo de altibajos en lo que concierne a las bendiciones apostólicas hasta que en una de sus misiones sufrió una caída y regresó a Quebec. En 1641 fue nombrado superior de Sillery. Hasta allí llegaron evidencias de los atroces martirios contra los hermanos que había enviado a evangelizar. Las huellas de las torturas de los que regresaban con vida eran estremecedoras. Juan, vertiendo sus lágrimas por ellos, siguió incansable, impulsando las misiones. Diez intensos años de entrega entre los indígenas en los que había administrado el bautismo a 50 personas le permitían trasladar con propiedad a sus superiores esta impresión: «Este campo de misión tendrá su fruto más tarde, pero solo mediante una paciencia casi sobrehumana». Volvió con los hurones en 1644. Y cuando llevaba veinte años en la región, encontró la palma del martirio. Sucedió en 1649. Después de fundar en el territorio de los iroqueses, muchos de los cuales le perseguían a él y a la comunidad, un grupo de ellos le apresó en la Misión de San Luís. Los suplicios fueron terribles. Él oraba: «Jesús, ten misericordia»; mientras, los hurones respondían: «Echon (era el nombre que le daban), ruega por nosotros». Su valentía ante tanta crueldad hizo creer a los feroces verdugos que estaban frente a alguien que excediendo con creces lo humano se hallaba cerca de lo sobrenatural. La tarde del 16 de marzo de 1649 expiró. Pío XI lo canonizó el 29 de junio de 1930 junto a varios misioneros jesuitas. Fueron declarados patronos de la evangelización de América del Norte.