El Papa les invitó a entablar relaciones de colaboración con los cristianos de la Iglesia armenia apostólica, separada de Roma hace más de 1500 años. En 1996, Juan Pablo II y el patriarca armenio Karekin I firmaron una declaración conjunta con la que pusieron fin a las diferencias de lenguaje sobre la naturaleza de Cristo, cuestión teológica que había sido la causa de la separación original.
El pontífice definió esta apertura a los hermanos de la Iglesia apostólica como «ecumenismo de frontera» típico de la vida monástica, que «no se cierra en el aislamiento y en el fundamentalismo, sino que sabe acoger, en el nombre de la búsqueda común del rostro del Padre, al hermano que encuentra en su camino».